花粉細胞破壁機的工作方式為高加速度沖擊+剪切，物料在雙向復合力的作用下壓縮撕裂破碎，該破壁作用力的大小不受物料質量的影響，對于質量小的物料一樣受到大作用力。
　　
　　采用花粉破壁機破壁纖維性物料時，由于受到強烈的壓縮撕裂作用力，易于破壞組織結構及纖維，使組織結構內部的水份（包括結晶水）、油份、揮發份、氣體被擠出，減少組織內部空隙率，使物料密實度增加。
　　
　　由于組織結構內部的物質被擠出并吸附在組織碎片的表面，使粒子的粘性增大，在強烈的壓縮撕裂作用力下，粒子被不斷揉捏撕扯，吸附在組織結構表面的物質隨之相互遷移，促使油性成份與水性成份在“生物表面活性劑”（一般生物組織內均含具有表面活性的物質，如皂甙、蛋白質等）的作用下形成乳化組合。
　　
　　在該作用的同時，隨著組織結構在破壁過程中的不斷破壞及細化，在壓縮、揉捏、撕裂的作用下，通過組織內部遷移物質的粘性作用，使被細化的不同組織結構碎片不斷形成新的組合，我們稱之為“精密復合化”。
　　                                                              
　　花粉細胞破壁機通過打破動（植）物類藥材細胞壁（膜），來達到提高生物利用度的破壁作業稱為中藥細胞破壁。中藥材絕大多數品種來自于動（植）物，動（植）物等藥材是由多種功能的細胞組成。
　　
　　細胞由細胞壁、細胞膜、細胞質、細胞核等組成，粒徑一般在10μm—100μm，而藥用有效成份主要存在于細胞質、細胞核之內。細胞完整無損的狀態下，有效成份只有通過細胞膜、細胞壁釋放出后才能被利用。
　　
　　細胞破壁機這種作業并不以細度為目的，細度僅作為一種宏觀的檢測手段，無法表達藥材粉末的真實的情況。一般來說細胞的破壁率越高其細度越細。細胞經花粉細胞破壁機破壁后細胞內的有效成份充分暴露出來（而不是以往的通過細胞壁［膜］釋放），使藥物起效更加迅速、完全。