作為近20年迅速發展起來的一項高新技術，超微粉碎技術在中藥行業的應用拓展了中藥的應用和療效的發揮，但是，不得不承認超微技術還沒有發展到一個完善的階段，這跟中藥物種性質的復雜性和粉碎技術的革新性都有關系。
　　
　　超微技術在中藥應用中面臨的問題：
　　
　　1、超微粉碎后的中藥缺乏可控指標、藥效學和藥理學都需深入研究：其研究主要限于動物實驗或體外溶出度實驗。從藥代動力學角度研究的少，藥物毒副作用的角度研究不系統，藥理作用的研究尚需深入；如藥物粉碎到什么粒徑時，既能達到理想的療效，同時又不產生新的不良反應。
　                                                    　
　　2、超微粉碎后的中藥在體內檢測需加緊進行：由于中藥超微制劑溶出度大，有效成分和其他成分的溶出同時增加，微米中藥顆粒十分小，是否會黏附在胃腸黏膜上，影響胃腸的酶的活性、離子通道、胃腸激素分泌、黏膜吸收等。超微粉碎技術粉碎后細胞內的活性成分是否會發生化學變化，如：蒲公英經過超粉粉碎后，其薄層色譜鑒別發生明顯的改變。
　　
　　3、某些生產尚未規范化、質量檢測尚未標準化：由于缺少嚴格的質量檢測標準，中藥超微粉碎的研究大多都還在實驗室進行，此技術投入大規模生產，還需要一段時間。多數復方制劑及單方的有效物質基礎尚不清楚，中藥產品缺乏一致的療效評價標準。
　　
　　中藥經過超微粉碎后，減少中藥資源的浪費，原藥材的提取率明顯提高，同時可直接運用于很多新劑型的研制。但并不是每一味中藥都適合做超微粉碎技術，如揮發性成分較多、黏液質、含淀粉的藥材就不適合做超微粉碎。